Erstmals direkt bezeugt wurde die Kirche 1438. In dieser Zeit stand auf dem Kirchhügel eine
kleine Kapelle. Im ausgehenden 15. Jahrhundert wurde die Kapelle durch einen Neubau ersetzt.
Den Abschluss der Bauphase bildete der Kirchturm, der um 1510 mit Glocken ausgestattet wurde.
1567 erbaten die Elliker Kirchgenossen ein Pfarrkilchenrächt, weil zu dieser Zeit die Kirche noch
aus Gachnang aus versehen war. Erst um 1651 wurde Ellikon zur selbständigen Pfarrei erhoben.
1748 erlangte die Kirche den heutigen Ausbau, der 1967 innen und 1977 aussen erneuert wurde.
Am 14. Mai 1975 erklärte der Regierungsrat des Kt. Zürich die Zone am Kirchhügel
(..einen der schönsten Kirchhügel im Kanton..) zur Schutzzone.